柑橘无病毒种苗与常规苗木比较，具有以下五个方面的优势：
一、生产程序严格，品种纯正。柑橘无病毒种苗生产的工艺流程：优选单株——脱毒处理——病毒检测——原种母本树——采穗圃——专业生产苗圃——无病毒良种嫁接苗。按照严格的生产程序所生产的无病毒种苗，能确保品种纯正、优质，不带病毒病、类似病毒病及危险性病虫害。
二、根系发达，生长健壮，定植成活率高。无病毒生产苗圃采用容器袋或配方营养土专用苗床，苗木生长健壮，整齐一致，叶片肥厚，根系（须根）比常规苗增多２－３倍。一年四季均可定植，只要保证栽植质量，定植成活率可达100％，而且不会出现缓苗期。
三、树体长势强，成园快，结果早。无病毒种苗定植2年树冠可达1米，三年普遍结果，比常规苗提早１—２年，投产早２—３年，而且盛产期大大延长。
四、丰产、稳产、品质好。国内外的经验证明，无病毒柑橘园一般比常规园增产30%左右，果实大而整齐，光洁度好，商品率高，品质优于常规苗的果实。
五、抗逆性强，降低生产成本。由于无病毒种苗生长健壮，根系发达，对不良气候的抵抗力强，增强了对肥料的吸收和利用率，大幅度减省了对病毒病及类似病毒病的防治用药、用工，从而降低了生产成本，减少农药污染，有利于保护生态环境。
